DNA損傷応答におけるカモンセルチブ

Aug 30, 2023

Nature Medicine (2023)この記事を引用

1 オルトメトリック

メトリクスの詳細

反応の予測バイオマーカーは、標的がん治療を効果的に導くために不可欠です。毛細血管拡張性失調症およびRad3関連キナーゼ阻害剤（ATRi）は、毛細血管拡張性失調症変異（ATM）キナーゼの機能喪失（LOF）を伴う合成致死性であることが示されており、前臨床研究では他のDNA損傷反応におけるATRi感受性変化が同定されている（ DDR）遺伝子。今回我々は、DDR遺伝子にLOF変化を有する進行性固形腫瘍患者120人を対象に実施中のATRiカモンセルチブ（RP-3500）の第1相試験のモジュール1の結果を報告する。この変化は、腫瘍をATRiに対して感作させることがケモゲノムCRISPRスクリーニングによって予測された。主な目的は、安全性を判断し、推奨される第 2 相用量 (RP2D) を提案することでした。第二の目的は、予備的な抗腫瘍活性を評価し、カモンセルチブの薬物動態および薬力学バイオマーカーとの関係を特徴づけ、ATRi 感作バイオマーカーの検出方法を評価することでした。カモンセルチブは忍容性が良好でした。最も一般的な薬物関連毒性は貧血でした（グレード 3 が 32%）。予備的な RP2D は、1 ～ 3 日目に毎週 160 mg でした。生物学的に有効な用量のカモンセルチブ（>100 mg d-1）を受けた患者における腫瘍および分子サブタイプにわたる全体的な臨床反応、臨床利益および分子反応率は、13%（13/99）、43%（43/99）、43%（99/99 人中 13 人）でした。 % (27/63) です。臨床的利益は、卵巣がん、両対立遺伝子 LOF 変化のある腫瘍、および分子反応のある患者で最も高かった。 ClinicalTrials.gov 登録: NCT04497116。

DNA 損傷応答 (DDR) は、ゲノムの完全性と細胞の生存の維持に不可欠です。 DDR 機構の特定のコンポーネントが失われると、さまざまな形態のゲノム不安定性が生じます 1。毛細血管拡張性運動失調症および Rad3 関連 (ATR) キナーゼは、DNA 損傷と複製ストレスに応答して一連のイベントを引き起こすことにより、DDR において不可欠な役割を果たしています 2,3。合成致死性による DDR 欠損の標的化は、がん治療の臨床的に検証されたアプローチです 4,5,6。このアプローチは、BRCA1 または BRCA2 (BRCA1/2) 機能喪失 (LOF) 変異およびその他の選択された変化を伴う複数の腫瘍タイプを持つ患者の治療として規制当局の承認を得ているポリアデノシン二リン酸リボースポリメラーゼ (PARP) 阻害剤によって例示されます。さまざまな設定で。

前臨床および初期の臨床研究では、毛細血管拡張性失調症変異 (ATM) キナーゼの LOF による ATR 阻害は合成的に致死的であることが示されています 7,8。 ATM変異を有する腫瘍、またはATMタンパク質発現を欠く腫瘍におけるATR阻害を調査する初期の臨床研究では、抗腫瘍活性の予備的なシグナルが示されているが、より広範な集団においてATM LOFを同定するための最適な方法はまだ確立されていない。我々は、ATM LOF 腫瘍の正確な診断と治療には、対立遺伝子の状態 (両対立遺伝子対非両対立遺伝子) の決定と、クローン造血に起因する ATM LOF 変化の除外が必要であると仮説を立てています。さらに、ATR阻害により、BRCA1/2などのATMを超えたDDR変化における抗腫瘍活性がもたらされるという仮説を立てています。具体的には、BRCA1/2復帰変異を持つ癌を含むPARP阻害剤（PARPi）耐性腫瘍におけるATR阻害の臨床活性は報告されていない。私たちは、ATR阻害がこれらの患者や満たされていない臨床的ニーズの他の重要な領域にとって有益であるかどうかを調査しました。

複数の ATR 阻害剤 (ATRi) 感作によるがんの変化は、RNA 干渉を利用した、または CRISPR-Cas9 を利用したフォワードケモゲノムスクリーニングによって提案されています9,10,11,12,13。我々は、これらのケモゲノム CRISPR 対応スクリーニングデータセットを内部および公開された前臨床検証データと併せて使用し、ATRi 感作性 DDR 変化が、camonsertib (RP-3500) による治療のための患者選択の合理的根拠であることを特定しました (方法および図 1a)10。、13、14、15、16、17、18、19。

a、患者選択のためのATRi感作および合成致死変化を特定するためのSNIPRx CRISPR-Cas9対応ケモゲノムスクリーニング。 b. 遺伝子および腫瘍の種類別の患者登録と、(1) 臨床エンドポイントを含む事前計画された分析の概要。 (2) 血漿中の PK および治療前および治療中の生検における PD。 (3) 対立遺伝子の状態 (つまり、両対立遺伝子変化と非両対立遺伝子変化) および体細胞細胞系列対生殖細胞系列の状態の評価など、仮説を生み出すゲノム分析。 (4) カモンセルチブ活性の初期マーカーとしての縦方向の ctDNA の分析。 c、TRESR単独療法患者集団のCONSORT図。 M1cに登録された患者は、摂食状態で3日目に単回投与を受け、5/2（n = 3）または3/4（n = 9）スケジュールで1日目（絶食状態）から継続されました。 3/4、3 日間オン、4 日間オフ。 5/2、5 日間オン、2 日間オフ。 CN、コピー番号。 CRC、結腸直腸がん。 HomDel、ホモ接合性欠失。 M、モジュール。 TCGA、がんゲノムアトラス。 TX、セラピー。

今回我々は、DDRバイオマーカーで選択された進行性固形腫瘍（NCT04497116）患者を対象としたカモンセルチブの第1相臨床試験（SNIPRx（SyNthetic Lethal Interactions for Precision Therapeutics platform）（TRESR）による治療）の結果を報告する。主な目的は、安全性と忍容性を評価し、推奨される第 2 相用量 (RP2D) を提案することでした。二次的および探索的目的は、抗腫瘍活性、薬物動態 (PK)、薬力学 (PD)、予測バイオマーカー、および循環腫瘍 DNA (ctDNA) 動態を決定することでした。治験適格性の重要な要件は、ATRi 感作遺伝子変化（ATM、ATRIP、BRCA1、BRCA2、CDK12、CHTF8、FZR1、MRE11、NBN、PALB2、RAD17、RAD50、RAD51B/C/D、REV3L の LOF の LOF）の存在でした。、ＲＮＡＳＥＨ２Ａ、ＲＮＡＳＥＨ２ＢまたはＳＥＴＤ２；図１ａ）。 SETD2 や RNASEH2B などのいくつかの適格遺伝子は、PARPi に対する感受性に関連する標準的な相同組換え修復 (HRR) 遺伝子とは異なります。事前に計画されたトランスレーショナル解析は、(1) 腫瘍の種類やゲノムプロファイルなど、固形腫瘍がカモンセルチブに感受性を示す状況を定義するために設計されました。 (2) 遺伝子変化の両対立遺伝子 LOF がカモンセルチブの臨床的利益を高めるという仮説を検証する。 (3) 初期の ctDNA 動態がカモンセルチブの臨床転帰を予測するかどうかを定義します。

TRESR試験は、患者選択の基礎として、前臨床で同定および検証されたATRi感作変化の使用を評価するように設計されました（図1a、b）。一連の統合臨床ゲノム解析が臨床試験設計に組み込まれ、前向きに同定された分子変化を有し、カモンセルチブによる治療が実現可能かつ効果的である進行性固形腫瘍患者を特定した（図1b、cおよび補足図1）。

TRESR のモジュール 1 に登録され、カモンセルチブ単剤療法で治療された 120 人の患者からの結果について説明します。このモジュールは登録を締め切りました（TRESR におけるゲムシタビン併用剤の登録は継続中です）。主な参加基準は、同意時の年齢が 18 歳以上でした。 Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) のパフォーマンスステータススコアが 0 または 1。標準治療に対して抵抗性または難治性であることが組織学的に確認された固形腫瘍および/または標準治療に対する不耐性; 腫瘍をATR阻害に対して感作させると予想される特定の遺伝子セットにおける有害な、または有害である可能性のある遺伝子変化の存在。主な除外基準には、化学療法による治療が含まれていました。 -治験薬の初回投与前14日以内に低分子抗がん剤または生物学的抗がん剤治療を受ける。またはATRまたはDNA依存性プロテインキナーゼ（DNA-PK）阻害剤による以前の治療。

登録患者のベースライン特性を表 1 に示します。最も一般的な腫瘍の種類は、卵巣がん (n = 22; 18.3%)、去勢抵抗性前立腺がん (CRPC) (n = 21; 17.5%)、乳房 (n = 17) でした。 ; 14.2%）および膵臓（n = 13; 10.8%）。登録者のうち最も頻繁にみられる遺伝子変異は、ATM (n = 44; 36.7%)、BRCA1 (n = 25; 20.8%)、BRCA2 (n = 15; 12.5%)、および CDK12 (n = 9; 7.5%) でした。表 1 および図 1b、c)。精密診断のための合成致死相互作用パネル (SNiPDx)20 による中央次世代シーケンス (NGS) 検査または全ゲノムシーケンス (WGS) では、十分な材料が存在する症例の 96.5% (83/86) で登録の変化が検出されました。

カモンセルチブの開始用量は、5 mgを5日間オン、2日間オフ（5/2）のスケジュールで、21日間のサイクルで1日1回（QD）投与するものでした。 1日の総用量が160mgに達するまで用量を漸増させた。新しい安全性、PK および PD データに基づいて、プロトコールに従って、3 日間オン、4 日間オフ (3/4) の代替スケジュールが 1 日あたり 120 mg の用量で開始され、200 mg、160 mg QD に増量されました (カモンセルチブの 3/4) は、長期 (>6 週間) の安全性、忍容性、PK および PD データに基づいて予備的な RP2D として提案されました。提案された予備的 RP2D における用量制限毒性 (DLT) 率は 8% (2/25) でした。すべての DLT には血液毒性が含まれていました (表 2)。

貧血は、あらゆるグレードにおいて最も一般的な治療関連有害事象 (TRAE) でした (すべての用量レベル/スケジュールにわたる患者の 67.5%)。用量変更または輸血を必要とする臨床的に重大な貧血は、通常、ヘモグロビンの緩やかな減少に続いてDLT期間後に発現し、用量保持および用量変更の最も一般的な理由でした。全体として、治療に関連したグレード 3 の貧血によりカモンセルチブを中止した患者は 120 人中 1 人 (0.8%) (4 サイクル後) のみでした。貧血は、3/4スケジュール（グレード3 26％、全グレード64％）よりも、5/2スケジュール（グレード3 52％、全グレード80％）で治療を受けた患者の方が頻度が高かった。グレード4の貧血は観察されませんでした。 3/4 スケジュール (n = 95) で他の一般的な TRAE は、疲労 (全体 27.4%、グレード 3 2.1%)、好中球減少症 (全体 26.3%、グレード 3 10.5%、グレード 4 3.2%)、吐き気 (全体 24.2%、グレード 4 3.2%) でした。すべてグレード<3）および血小板減少症（全体の23.2％、グレード3が6.3％、グレード4が1.1％）。他の非血液毒性はそれほど一般的ではなく、悪性度も低かった。 TRAE および治療中に発生した有害事象 (TEAE) の頻度をそれぞれ表 2 および拡張データ表 1 に示します。 QT間隔への影響は観察されませんでした（補足図2）。

カモンセルチブの PK プロファイルは、患者内および患者間の変動が低く、すべての QD 用量レベルで半減期中央値が 5.8 時間でした（四分位範囲 (IQR) 4.8 ～ 7.1）。反復投与後の蓄積は観察されませんでした。 5 ～ 200 mg QD の用量範囲にわたって、観察された最大血漿濃度 (Cmax) と濃度時間曲線下面積 (AUC) の増加は直線的でしたが (拡張データ図 1)、Cmax に達するまでの時間の中央値 (Tmax) は直線的でした。 1〜2時間でした（補足表1）。 QD 100 mg を超える用量での血漿曝露は、前臨床モデルに基づいて予測された有効曝露を達成しました（10 ～ 12 時間の pCHK1 阻害に対する in vivo 腫瘍 IC80 を超える遊離濃度のカモンセルチブに関連する有効性）（参考文献 14）。 12 人の患者が食品効果サブモジュール (モジュール 1c (M1c)) に登録されました。高脂肪、高カロリーの食事の投与では、PKの変化はわずかでしたが、カモンセルチブの臨床安全性や忍容性に有意な影響を与えるとは予想されませんでした（補足図3）。

ATR阻害の下流効果のPDバイオマーカー（γ-H2AXおよびp-KAP1 Ser821）（参考文献14）は、100 mgを超える用量で治療された患者から収集された33対の治療前および治療中の新鮮な生検で評価されました。カモンセルチブの作用機序と一致し、これらの用量レベルでの生物学的活性を確認すると、γ-H2AX (P = 0.003、対応のあるウィルコクソン検定) と p-KAP1 (P < 0.001、対応のあるウィルコクソン検定) の両方の統計的に有意な増加が観察されました。 (拡張データ図2)。

すべての腫瘍および分子サブタイプにわたって、患者 120 人中 113 人がベースライン後の腫瘍評価が 1 回以上であり、反応について評価可能でした。これらのうち、12% (13/113) がプロトコルで定義された腫瘍反応を示し、臨床利益率 (CBR) は 42% (47/113) でした。生物学的有効量>100 mg/日のカモンセルチブを受けた99人の患者のうち、腫瘍反応率は13%(13/99)、CBRは43%(43/99)でした。無増悪生存期間（mPFS）の中央値は15週間でした（拡張データ表2）。奏効には、固形腫瘍における奏効評価基準（RECIST）1.1による10例（確定部分奏効（cPR）8例：卵巣がん3例、CRPC2例、黒色腫1例、膵臓がん1例、頭頸部扁平上皮がん（HNSCC）1例、未確認部分奏効2例が含まれていた）反応 (uPR): 卵巣 1 つ、乳房 1 つ)、および前立腺がん臨床試験ワーキンググループ 3 (PCWG3) または婦人科がんグループ間グループ (GCIG) の基準ごとに 3 つの腫瘍マーカー反応 (それぞれ前立腺 2 つと卵巣 1 つ) (表 3) 。応答のあるバイオマーカーサブグループには、ATM（n = 4）、BRCA1（n = 4）、RAD51C（n = 2）、BRCA2（n = 1）、CDK12（n = 1）およびSETD2（n = 1）が含まれていました（図2a）、表 3 および補足表 2)。臨床効果はあるが反応がなかった追加のバイオマーカーグループには、ATM (n = 10)、BRCA1 (n = 7)、BRCA2 (n = 4)、SETD2 (n = 3)、CDK12 (n = 1)、NBN (n = 10) が含まれていました。 = 1)、PALB2 (n = 1)、RAD51C (n = 1)、および RNASEH2 (n = 1)。データカットオフ時点では、19 人の患者がまだ治療を受けていました (全治療期間は 5 か月から 15 か月以上)。さらに、ATM LOF の 1 人の患者は、データカットオフ後に RECIST 部分奏効 (PR) を示しました。治療量以下とみなされる用量でカモンセルチブを投与された患者で腫瘍反応が見られた患者はいなかった。

a、遺伝子型別の治療期間。臨床的利益は、少なくとも 16 週間の治療期間 (進行の証拠なし) および/または RECIST 1.1 または腫瘍マーカー反応として定義されます。灰色の点線は 16 週間を示します。 b、TLが完全に消失したgRAD51C LOF卵巣癌患者（n = 1）の症例報告。 c. カモンセルチブに対して遅発性反応を示した gATM LOF 膵臓癌患者 (n = 1) の症例報告。 69F、69歳女性。 77階、77歳女性。 g、ゲノム。 Plt.、プラチナ。

卵巣がん患者（n = 20、82％高悪性度漿液性）は、他の腫瘍タイプと比較して、最も高い奏効率（25％）、最も高いCBR（75％）、最も長いmPFS（35週間）を示しました（拡張データ図3および拡張データ表 3)。これらの患者は高度な前治療を受けていました（前治療歴中央値 6、IQR 4 ～ 7.5）。ほとんど（75%; 15/20）はプラチナの耐火性/耐性がありました。そして90％（18/20）が以前にPARPi治療を受けていた。 gBRCA1 (n = 2)、gRAD51C (n = 2)、SETD2 (n = 1) の LOF 変化を伴う卵巣腫瘍で反応が観察されました。 SETD2 LOF変化を伴う顆粒膜細胞卵巣腫瘍の患者1名を除いて、卵巣がんの奏効者は全員、以前にプラチナ療法とPARPi療法を受けていた（表3および図2a）。興味深いことに、卵巣がんと生殖細胞系列 RAD51C LOF 変化を患い、オラパリブで進行した 77 歳の女性は、6 週間でがん抗原 125 (CA-125) が 82% 減少し、全体的な RECIST 1.1 PR が低下しました。 19週間で標的病変（TL）は完全に解消されました（図2b）。

治験で治療を受けた患者のゲノムサブグループ全体で、反応が最も高かったのはBRCA1 LOF腫瘍（17％、4/23：卵巣（n = 2）、乳房（n = 1）、HNSCC（n = 1））でした。 ATM LOF 腫瘍 (n = 34) のうち、4 人 (12%) の患者が奏効を達成しました。 ATM LOF CRPC患者の7人中3人は、RECIST 1.1（n = 1）または前立腺特異抗原（PSA、PCWG3基準による、n = 2）反応を示し、治療期間が長期（データカットオフ時点で30週間以上）でした。２）。 BRCA1/2 LOF 腫瘍患者と ATM LOF 腫瘍患者の反応までの時間は大幅に異なりました。 BRCA1/2腫瘍患者は治療6～12週間でRECIST 1.1 PRを達成したが、ATM腫瘍患者は長期間のRECIST 1.1安定病変を示したか、54週という遅い時点でPRを達成した。たとえば、生殖細胞系列ATMフレームシフト変化を有する進行膵臓がんの69歳女性は、2種類の事前治療（化学療法と免疫療法）で治療を受け、がん抗原19-9（CA-19-9）が50％減少した。 9週目には、TLが徐々に低下し、最終的に54週目にRECIST 1.1 cPRとなりました（図2c）。 ATM LOF腫瘍患者における遅発性反応をさらに示すと、データカットオフ後、進行性非小細胞肺がん（NSCLC）および生殖系列ATM LOF腫瘍を有する患者は、37週間の治療後にRECIST 1.1 PRを示した（表3）。。

カモンセルチブの抗腫瘍活性の尺度として ctDNA 動態を評価するために、ベースライン (88%; 106/120 患者) および長期的 (83%; 100/120 患者) で収集された ctDNA サンプルを、市販の 105-遺伝子リキッドバイオプシー検査。有効性を評価可能な集団では、ベースライン時と治療時の両方で、64% (63/99) が分析に十分な ctDNA レベルを持っていました (方法)。体細胞変異の平均変異対立遺伝子頻度（mVAF）の50%低下として定義される分子反応（MR）は、評価可能な患者の43%（27/63）で検出され（図3a）、治療の早期に発生しました（中央値） 3.3週間）。腫瘍の種類全体で、卵巣癌患者の 54% (7/13)、CRPC 患者の 31% (4/13)、乳癌患者の 70% (7/10) (図 3a および拡張データ表 3) ）にはMRがいました。バイオマーカーのサブグループ全体で、ATM の 39% (9/23)、BRCA1 の 50% (9/18)、BRCA2 の 60% (6/10)、および他の登録遺伝子の 25% (3/12) が MR を持っていました。それぞれPALB2、CDK12、およびRAD51Cを有する腫瘍を有する患者（図3a、補足表2および拡張データ表4）。体細胞起源（13/28; 46%）または生殖系列起源（11/22; 48%）によって階層化した場合、MR率はバイオマーカーサブグループ間で有意な差はなかった（P > 0.99）。

a、登録遺伝子別の最良の ctDNA 応答。 MR は、mVAF のベースラインからの 50% の減少として定義されます。カプラン・マイヤーによる推定 PFS (b) と MR による DOT (c)。 MRを有する患者とMRを持たない患者におけるログランクP = 0.00015（PFS）、P = 0.000027（DOT）。 CR、完全な応答。

長期的に変化をモニタリングして臨床反応（腫瘍マーカーおよび/またはRECIST 1.1）を達成した患者のうち、70％（7/10）がMRを達成し、90％（9/10）でctDNAが減少した。さらに、安定した疾患と臨床的利益という最良の臨床反応を示した患者の 80% (12/15) が MR を受けていました。対照的に、安定した疾患で最良の臨床反応が得られたが臨床的利益がなかった患者のわずか 25% (5/20) と、進行性疾患で最良の臨床反応が得られた患者の 17% (3/18) が MR を達成しました (図 2)。 3a)。臨床効果のある患者は、効果のない患者（21%; 8/38）よりも有意に高いMR率（76%; 19/25）を示しました（P < 0.001）（図3a）。臨床的利益のある患者におけるMRの強化は、ATMサブグループ内では有意であったが（臨床的利益、83%（10/12）、非臨床的利益、9%（2/23）、P < 0.001）、ATMサブグループ内では有意ではなかった。 BRCA1/2 サブグループ (臨床的利益、69% (9/13)、非臨床的利益、40% (6/15)、P = 0.15)。さらに、MR患者はmPFS（MR、20週間、MRなし、7週間、P < 0.001）および治療期間中央値（mDOT）（MR、22週間、MRなし、7週間、P < 0.001）が有意に長かった。ないもの（図3b、c）。 8 人の MR 患者における臨床的利益の欠如は、早期の投与量の中断または減量 (3/8)、または全体的な腫瘍量の減少 (2/8) の設定における新たな病変の結果としての PD による中止に起因する可能性があります。 ctDNA MRと臨床転帰が一致しない患者（14/63）を補足表3にリストします。

両対立遺伝子喪失と臨床応答および分子応答との関係を評価するために、登録遺伝子の対立遺伝子状態を評価しました。これは、有効性評価可能なグループの 70% (69/99) で決定されました。 70% (48/69) が二対立遺伝子であり、30% (21/69) が非二対立遺伝子でした (図 2a)。既知の対立遺伝子ステータスを持つ臨床応答者のうち、78% (7/9) が両対立遺伝子 LOF を有しており、これには以前に PARPi とプラチナ療法で治療を受けた生殖系列 BRCA1 改変卵巣癌患者 2 名が含まれていました (表 3)。これらの患者のうちの 1 人には、BRCA1 復帰変化も見られました (p.E143* > p.E143D)。腫瘍が両対立遺伝子 LOF を示した他の臨床応答者には、CRPC (体細胞 ATM および CDK12 変化) 患者 2 名と、生殖系列 BRCA1 変化乳がん患者 1 名が含まれていました。単一対立遺伝子の体細胞遺伝子欠損を有する 2 人の患者にも反応があり、1 人は BRCA1 変化 (HNSCC)、もう 1 人は BRCA2 変化 (黒色腫) でした。どちらも、それぞれアポリポタンパク質B mRNA編集酵素触媒ポリペプチド（APOBEC）および紫外線（UV）光に関連する癌体細胞変異カタログ（COSMIC）変異サインを伴う高い腫瘍変異負荷（TMB-H）を持っていました（補足図4）。。

両対立遺伝子性 LOF を有する腫瘍を有する患者の臨床反応率は 15% (7/48) であったのに対し、腫瘍が非二対立遺伝子性 LOF を有する患者では 10% (2/21) でした (P = 0.71)。注目すべきことに、非二対立遺伝子サブグループ（14%; 3/21）と比較して、二対立遺伝子サブグループ（50%; 24/48）でより高いCBRが観察されました（P = 0.007）。最も一般的なバイオマーカーサブグループであるATMおよびBRCA1内では、両対立遺伝子LOFを有する患者は、そうでない患者（ATM、11％（1 /9);BRCA1、25% (1/4)) (拡張データ図 4a)。同様に、両対立遺伝子サブグループは、非両対立遺伝子サブグループ（mPFS、11週間、mDOT、8週間）と比較して、mPFSおよびmDOTが数値的に長かった（mPFS、18週間、mDOT、15週間）（それぞれ、P = 0.13およびP = 0.07）。 (拡張データ図 5a、b)。また、非二対立遺伝子サブグループ（22％; 4/18）と比較して、二対立遺伝子サブグループ（56％; 15/27）の方が高いMR率も観察されました（P = 0.035）（拡張データ図4a）。

両対立遺伝子LOFがATMバイオマーカーサブグループのより高いCBRと相関していることを考慮して（拡張データ図4a）、両対立遺伝子ATM LOFとATMタンパク質発現との関係も評価しました。 ATM 免疫組織化学 (IHC) 分析で評価された腫瘍患者 30 人のうち、サンプルの 3 分の 2 (20/30) でタンパク質発現の損失が見られたのに対し、33% (10/30) ではさまざまなレベルの腫瘍細胞 ATM タンパク質発現が見られました (中央値H スコア 95; IQR 46 ～ 190) (拡張データ図 4b)。 ATM IHCの結果があり、ATM対立遺伝子の状態が確定的である25人の患者のうち、両対立遺伝子ATM LOFを有する患者は、非二対立遺伝子ATM変化を有する患者(58%; 1/13)よりもATMタンパク質陽性である可能性が有意に低かった(8%; 1/13)。 7/12) (P = 0.01) (拡張データ図 4b)。注目すべきことに、腫瘍が両対立遺伝子性ATM LOFを有し、ATMタンパク質陽性であった進行性CRPC患者は、ATMのホスファチジルイノシトール3-キナーゼ（PI3K）制御ドメイン（p.R3008H）に病的なミスセンス変異を有していたが、これにより次のような症状が起こるとは予想されていない。 ATM発現の喪失（拡張データ図4b）。データカット時点で、この患者は腫瘍退縮を伴うRECIST 1.1の安定した疾患で61週間カモンセルチブ治療を継続している（最後のスキャンでのRECIST 1.1腫瘍測定値が29％減少）。

ctDNA シーケンスに基づいて MR を定義する過程で、末梢血単核球 (PBMC) のシーケンスを行い、不定電位クローン造血 (CHIP) または生殖系列に由来する変異体を同定しました。 ctDNAとPBMCの両方の配列データを持つ77人の患者のうち、29人はCTDNAで少なくとも1つのバリアント（中央値1バリアント、IQR 1〜2バリアント）が検出され、CHIPに由来すると判断され、最も一般的にはTP53とATMでした（補足図5）。。興味深いことに、ATM変化に基づいて登録された3人の患者（2人はctDNA分析によって特定され、1人は腫瘍NGSによって特定された）について、登録変化は腫瘍ではなくCHIPに由来すると判断しました（補足表4）。注目すべきことに、これらの患者はいずれも臨床的利益を経験しなかった(補足表4)。最後に、CHIP 由来の ATM 変化は、他の登録変化のある患者 (10%; 6/63) よりも生殖系列 ATM 変化のある患者 (57%; 8/14) でより一般的であることに注目しました (P = 0.002) (補足図5)。これらの発見は、ATM LOF の正確な分子診断の複雑さと課題を強調しています。補足図6でATMの変化を診断するための推奨事項を提案します。

DDR関連遺伝子およびHRR関連遺伝子に影響を与える両対立遺伝子LOF変化を伴うがんでは、細胞傷害性療法およびDNA修復標的薬剤に対する耐性は、最初に影響を受けた遺伝子のオープンリーディングフレームを回復する体細胞復帰変化または遺伝子内欠失によって媒介される可能性があります。 LOF変異21．復帰変異は、BRCA1 (n = 4)、BRCA2 (n = 3)、NBN (n = 1)、PALB2 (n = 1)、および RAD51C (n = 1) において一次試験登録に変更があった患者 10 人で遡及的に検出されました。そのうち、以前にPARPi（n = 5）、プラチナ療法（n = 2）、またはその両方を受けていた人（n = 3）。復帰の変化は、組織 NGS (n = 6)、ctDNA (n = 2)、またはその両方 (n = 2) によって検出されました (補足表 5)。 10人の患者全員が、120mg以上のカモンセルチブをQDで投与された（3/4スケジュール）。 5人は臨床利益を達成し、BRCA1復帰を有する卵巣癌の1人はRECIST 1.1 cPRを示した(拡張データ図6a)。オラパリブの以前の 2 つのレジメン（単剤療法および WEE1 阻害剤アダボセルチブとの併用）で治療を受けた体細胞性 BRCA1 トリプルネガティブ乳がん患者では、BRCA1 の変化と BRCA1 の複数のポリクローナル復帰がベースラインで検出され、これは、オラパリブの存在と一致しています。独立したクローンが以前の DDR 指向の治療に対する抵抗力を高めている 22。カモンセルチブ治療により、復帰を含むすべての変異は血中で減少し、その後、29週目に非標的病変（NTL）が進行する前に回復しました（拡張データ図6b）。生殖細胞系 BRCA1 変化乳がんと複数の復帰変異を有する別の患者では、個々の BRCA1 復帰のバリアント対立遺伝子頻度 (VAF) の減少が観察されました。最初のスキャンでTLが26％減少したにもかかわらず、この患者は、無関係な有害事象による3週間の用量保持後の臨床進行により治療を中止しました（補足図7）。

ここで我々は、第1相TRESR研究の結果を提示する。この研究は、我々の知る限り、これまでATRi単独療法で治療された腫瘍の最も包括的に分析され、前向きに選択されたコホートを表す。カモンセルチブの安全性および忍容性プロファイルは、高度に選択的で強力な ATRi と一致しており、さまざまな組織型および登録遺伝子変化にわたって、高度に前治療された腫瘍において予備的な抗腫瘍活性が実証されました。

合成致死性の発見と複数の BRCA1/2 欠損相同組換え欠損 (HRD) 関連腫瘍状況における PARPis の承認以来、この治療戦略を他の DDR 標的薬剤や遺伝的背景にも拡張する研究が進行中です。 PARPi ナイーブ設定および PARPi 耐性設定 7,23。これまでの試験は主に、ATRiと化学療法またはPARPiの併用に焦点を当てていた。 ATRi 単独療法のいくつかの試験では、選択されていない患者の奏効率は約 6 ～ 7% でした 23,24。 HRD 変化のために選択された患者を対象とした BAY1895344 の研究では、11 人中 4 人の患者が反応を示したと報告されました 7 が、これはより大きなシリーズ (138 人中 5 人) では確認されませんでした (参考文献 25)。 TRESRでは、さまざまな腫瘍および分子サブタイプで構成される有効性コホート全体の奏効率は控えめであったが、分子的に選択された進行性卵巣がん患者では、複数の治療法で進行したにもかかわらず、25％の奏効率と35週間のmPFSを示した。治療（プラチナ化学療法およびPARPiを含む）。私たちは、卵巣がんは本質的に高い複製ストレス、腫瘍抑制因子の喪失、および両対立遺伝子 DDR 遺伝子喪失の頻度が高いため、ATRi に対して脆弱である可能性があると仮説を立てています 26、27、28、29、30。

卵巣がんサブセット内では、復帰変異が存在するにもかかわらず、PARPiまたはプラチナ療法で以前に治療されたBRCA1変化腫瘍を有する患者でカモンセルチブの抗腫瘍活性が観察され、特にPARPi治療後の生殖細胞系BRCA1変化のある患者で観察された。。復帰（たとえば、BRCA1、BRCA2、PALB2）は PARPi 耐性を高めるのに十分ですが、これらの獲得された変化は HRR 機能を完全には回復しない可能性があります。したがって、PARPi耐性癌はATRiに感受性があり、満たされていない医療ニーズに対処している可能性があると考えられます。 BRCA1 変異癌患者の小規模で不均一な集団のため正式な統計分析はできませんでしたが、この集団の CBR は約 48% でした。これらのデータは、ATRi 感受性のバイオマーカーとしての BRCA1 状態の役割を確認するために、将来の臨床試験で調査することを正当化します。

反応までの時間は、ATM 変化腫瘍の患者よりも BRCA1 変化腫瘍の患者の方が短かった。 ATM 変化腫瘍における反応が遅い理由はよくわかっていません。 BRCA1 で変化した腫瘍が高い増殖指数を示すことを示唆するデータもあり 33、34、35、36、37、38、39、ATRis は主に細胞周期の G2/S 期の細胞を殺すと考えられている 40 ことを考慮すると、我々は次の仮説を立てます。 BRCA1 改変腫瘍の応答までの時間が短いことは、その増殖速度が比較的高いことに関連している可能性があることが考えられます。

注目すべきことに、TRESRには、SETD2など、標的となる標準治療が存在しないDDR改変遺伝子を保有する患者も含まれていた。 SETD2 で変化した卵巣がん患者の反応は、ヌクレオソームの安定性の制御 41 および DNA 複製中の細胞 dNTP レベルの維持による DNA 損傷と複製ストレスの抑制における SETD2 の関連する役割を反映している可能性があります 42。これらの結果は、DDR を標的とする薬剤が、他のゲノム (ARID1A、CCNE1、MYC)12、43、44 または表現型 (複製ストレス) マーカーを持つ患者を含む他の患者集団において臨床的に活性である可能性があることを示しており、これらの状況での将来の臨床研究が保証される。。

これらの観察は、ATRi を開発する将来の試験の設計を導くためには、ATRi に対する臨床反応を予測する要因をより深く理解する必要があることを示唆しています 46,47。私たちのグループや他の研究者によるこれまでの研究では、BRCA1/2の二対立遺伝子（一対立遺伝子ではない）LOFがHRDの特徴と、合成致死的治療戦略に対して脆弱な機能不全のDDR経路と関連していることが示されている48,49,50,51,52,53,54。実際、登録時に両対立遺伝子LOF変化があった腫瘍を有する患者は、最も特徴付けられた奏効者を構成し、MR率と臨床利益率が著しく高く、予測されるATRi感作遺伝子に両対立遺伝子LOFを有する腫瘍においてカモンセルチブがより活性であるという仮説と一致している。

興味深いことに、BRCA1/2関連癌（遺伝性乳癌、膵臓癌、前立腺癌、および卵巣癌）の標準スペクトルの一部ではない単一対立遺伝子性BRCA1/2変化腫瘍（HNSCCおよび黒色腫）を有する2人の患者で反応が観察された。両方の腫瘍はTMB-Hであり、BRCA関連腫瘍で従来観察されてきたHRRまたはDDR経路の欠損を示さないCOSMIC変異サインを有していた。最近の報告では、ATRi ベルゾセルチブとゲムシタビンの併用治療を受けた TMB-H NSCLC 患者は、TMB55 が上昇していない患者と比べて奏効率が高いことが実証されました。予備的ではあるが、これらのデータは、TMB-H 腫瘍患者における ATRi の役割の可能性を示唆しています。

ATM LOF を同定するための最適な方法をより深く理解するために、ATM 対立遺伝子の状態と IHC による ATM タンパク質損失の一致を評価しました。腫瘍配列決定による両対立遺伝子 ATM 損失の検出は、IHC による ATM タンパク質損失を強く予測していましたが、ATM に影響を与える病原性突然変異は、早期終止コドンやナンセンス媒介崩壊をもたらさないため、IHC の偽陽性結果を引き起こす可能性があります。正真正銘の二対立遺伝子 LOF。注目すべきことに、ATMタンパク質発現を保持しながら両対立遺伝子R3008H LOF変化を有するCRPC患者において反応が観察された。これらの結果は、ATRi による治療のための患者選択を最適化するために、ATM LOF 変化の対立遺伝子状態を決定することの重要性を強調しています。

ATM CHIP 変異の有病率が比較的高いため、ctDNA の ATM LOF を正確に測定することには別の課題が生じています56。この研究で実施された PBMC のディープターゲットシークエンシングにより、生殖細胞系または CHIP に由来する変異体をフィルタリングし、腫瘍由来である可能性が最も高い体細胞変異体に焦点を当てることにより、腫瘍に情報を与えていない ctDNA 解析を改良することができました。興味深いことに、3 人の患者が PBMC に由来する ATM 変化を伴って登録されていることが判明しました。臨床ゲノミクス研究室、特に ctDNA 解析では、一致する PBMC シークエンシングの実装が広く採用されていないため、固形および液状腫瘍 NGS における CHIP 由来の変異体の汚染は広範囲に及んでいます 22,53,54。我々の発見は、ATMや他の腫瘍抑制遺伝子に影響を与えるCHIP変異体が、血漿DNAのみの配列決定（つまり、一致するPBMC DNAに対する同時NGSなし）の解釈を混乱させる可能性があることを示しています。これは、ctDNA または腫瘍のみの NGS を使用する治験に患者を登録するとき、および腫瘍に関する情報のない ctDNA 分析から MR を解釈するときに、CHIP フィルタリングの重要性を強調しています。

また、以前に報告されているように、ctDNA の変化が治療反応の代替マーカーとして機能するかどうかも評価しました 51,52。 RECIST 1.1によって最良の臨床反応として疾患の安定を達成した患者のほとんどはMRを有しており、ctDNA変化によって測定される抗腫瘍活性が疾患の安定化の長期化に寄与しているという仮説を裏付けている。これらのデータと、この試験および他の試験で観察された MR の結果との相関 51,52 は、観察可能な腫瘍縮小が限られているにもかかわらず、これらの患者におけるカモンセルチブの抗腫瘍活性を強く裏付けています。 MR と臨床上の利点はほとんどの患者で一致しましたが、一部の患者では結果が一致しませんでした。これらの不一致の症例は一般に、(1) ベースライン mVAF が低い (<1%) 患者によって分類できます。この場合、使用される市販の ctDNA パネルの確率的変動によって結果が混乱する可能性があります。 (2) 最初のMRを受けた悪性腫瘍および/または不均一癌を患い、その後すぐに疾患の進行と同時に再発した患者。 (3) その後の投薬中断および/または薬物曝露を制限する無関係な有害事象が発生したため、比較を混乱させたMR患者。

この研究にはいくつかの制限があります。初期段階の試験であるTRESRは、ゲノム的に複雑で治療抵抗性のある不均一な腫瘍を有する、高度に前治療を受けた患者集団を対象とした非比較研究です。 ATM、BRCA1、BRCA2以外の病原性変異遺伝子を持つ腫瘍患者の登録は、転移性がん患者ではこれらの遺伝子に影響を与える病原性変異の有病率が低いため（1%未満）、困難でした。前向きに特定された変化を有する患者のみが登録されたが、この第 1 相試験は、以前の治療法に制限なく、進行性固形腫瘍を有する患者を対象とした。したがって、各遺伝子型内には、この試験で各クラスの変化内で観察された反応の不均一性を説明できる可能性のある、さまざまな腫瘍の種類、組織学、対立遺伝子の状態、生殖細胞系列の状態、以前の治療法およびその他の特徴が存在しました。異なる分子変化と腫瘍タイプの間の状況依存性も、カモンセルチブに対する感受性に影響を与える可能性があります。これらの課題にもかかわらず、RECIST 1.1の反応は、SETD2、CDK12、RAD51Cなどの稀な遺伝子型を持つ患者で観察され、CDK12、NBN、PALB2、RAD51C、RNASEH2、SETD2の変化を有する腫瘍を有する患者で臨床的利益が観察されました。 SNIPRx LOF 遺伝子全体にわたる変化を有する腫瘍、特にこの研究に登録されていないより稀な遺伝子型（つまり、REV3L、RAD51D、RAD50、RAD17、MRE11、FZR1、CHTF8、および ATRIP）におけるカモンセルチブを調査するには、今後の研究が必要である。

TRESR 試験の結果は、化学ゲノム CRISPR-Cas9 スクリーニングおよび小規模検証実験から得られた前臨床結果が患者登録に情報を提供する上で有用であることを強調しています9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19。合成致死性の原則に基づく試験における層別化と、生成された検証可能な仮説は、ATRis およびその他の DDR 標的薬剤の開発に明確な影響を及ぼします。カモンセルチブが最も効果を発揮する患者のサブグループをさらに絞り込むために、カモンセルチブ単独および他の治療法との併用に関する複数の臨床試験が進行中である(NCT04855656、NCT04972110およびNCT05405309)。一連の証拠は、特に卵巣がんなどの腫瘍におけるカモンセルチブのさらなる開発を裏付けていますが、これに限定されません。

TRESR (NCT04497116) は、カモンセルチブのモジュール式、第 1/2a 相、ファーストインヒト、多施設共同、非盲検、非無作為化、用量漸増、用量拡張試験であり、単剤として経口投与または併用投与されます。進行固形腫瘍患者にはタラゾパリブまたはゲムシタビン。ここで報告された結果は、カモンセルチブ単剤療法の用量漸増を含むモジュール 1 に焦点を当てており、さらに 3 つのサブモジュールに分割されています。モジュール 1a (M1a)、5/2 投与スケジュール。モジュール 1b (M1b)、3/4 投与スケジュール。モジュール 1c (M1c)、食品の効果評価。 M1cに登録された12人の患者に対して、カモンセルチブのPKに対する食物の影響を評価するために、-3日目に高脂肪、高カロリーの食事とともにカモンセルチブを投与し、1日目に絶食状態で投与した。研究の食事影響部分の後、患者は5/2または3/4スケジュールでカモンセルチブ単剤療法を継続し、M1aおよびM1bの患者とともに安全性と有効性について分析された。この研究は、ヘルシンキ宣言および国際医療機関評議会の国際倫理ガイドライン、該当する国際調和会議の適正臨床実施ガイドライン、および該当する法律および規制に従って実施されました。すべての患者は、臨床プロトコルを遵守し、連続血液サンプルと腫瘍組織を提供することについて書面によるインフォームドコンセントを提出しました。このプロトコールは、各参加施設の治験審査委員会または倫理委員会によって承認されました。

患者は単剤カモンセルチブで5～160 mg QDから40～80 mgを1日2回、週5/2または3/4のスケジュールで経口投与されて治療された。 2 週間オン/1 週間オフの間欠的なスケジュールも、160 mg および 200 mg QD (3/4) の用量レベルで評価されました。各サイクルは 21 日間の治療で構成されていました。 M1a および M1b コホートの患者に基づくモジュール 1 の用量漸増の決定は、M1a の単一患者コホートから開始するベイジアン最適間隔 (BOIN) 設計によって管理されました。薬理活性の証拠（任意のサイクルでグレード 2 以上の薬物関連毒性として定義され、非臨床研究または治療関連活性の他の証拠に基づいて有効であると予測される曝露レベルを示す PK データ）は、コホート拡大のトリガーとして機能し、 M1bのオープニング。 M1a と M1b の増加は、RP2D の最大耐用量 (MTD) が各スケジュールで決定されるまで並行して発生しました。バックフィルコホートは、(1) 特定の遺伝子異常または腫瘍タイプを持つ患者のサブセットにおける可能性のある抗腫瘍活性の評価を支援するために使用されました。 (2) 追加の PK/PD 評価を許可します。 (3) 薬物関連毒性をさらに評価する。患者の安全性の検討と投与量の決定は、研究責任者とスポンサーの代表者で構成される安全性検討委員会によって実施されました。

登録パネルに含まれる遺伝子を選択するために、内部および外部の CRISPR-Cas9 スクリーニングデータセット 9、10、13 をマイニングしました。まず、公開されている ATRi 感作変化のコンセンサスセット 9 と内部の camonsertib スクリーニング 13 の間で重複する遺伝子ヒットを選択しました。これら 35 個の遺伝子 13 のうち、我々は、(1) 腫瘍ゲノムデータセット (たとえば、The Cancer Genome Atlas や Project GENIE) で LOF 変化を示すものを選択しました。 (2) ターゲットを絞った NGS パネル (社内または商用) によって特定される可能性があります。 (3) 内部実験または公表された実験において CRISPR-Cas9 または RNAi で不活化すると、ATRi 感受性が生じました9、10、12、13、14。これにより、8 つの遺伝子 (ATM、ATRIP、BRCA2、RAD17、RAD51B、RNASEH2A/B、および SETD2) のリストが得られました。次に、同じ基準に基づく追加遺伝子でこのリストを補足しましたが、それらは (1) Hustedt et al.9 または Zimmermann et al.13 データセットのいずれかに固有である、または (2) 遺伝子に付随する十分に説明された機能経路に存在するものでした。初期リスト (BRCA1、PALB2、RAD51C/D、CDK12、FZR1、CHTF8、REV3L、および MRE11-NBN-RAD50)。

安全性と有効性の分析には、2022 年 3 月 22 日のデータカットオフ日が使用されました。モジュール 1 の患者 (2021 年 11 月 1 日時点で登録 n = 120) は、北米 (米国およびカナダ) と欧州 (英国およびデンマーク) の 12 施設で試験に参加しました。

完全な包含基準には、患者または法的保護者による書面によるインフォームドコンセントフォームへの署名が含まれます。同意時点で18歳以上の成人。 ECOG パフォーマンスステータススコアは 0 または 1。標準治療に対して耐性または難治性であることが組織学的に確認された固形腫瘍および/または標準治療に不耐性の患者; RECIST 1.1に基づく測定可能な疾患（腫瘍マーカーによって監視可能な場合、測定可能な疾患のない患者の登録についてスポンサーの承認が得られた場合に認められる）。アーカイブ腫瘍組織サンプルまたは新鮮な生検の提供。プロトコールおよび研究手順を遵守する能力。経口薬を飲み込んで保持する能力。スクリーニング時に許容可能な臓器および血液機能。スクリーニング時および初回投与前の妊娠可能性のある女性の妊娠検査が陰性であること。研究期間中および最後の投与から6か月後、非常に効果的な避妊法を使用する意欲。以前の治療または手術の毒性の解消。初回照射の7日前に放射線療法を完了していること。治療開始後平均余命が12週間以上。 (M1c のみ) 高脂肪食を摂取し、12 時間絶食する能力。

すべての適格な患者は、以下の遺伝子の少なくとも 1 つについて有害な、または有害である可能性のある遺伝子変異を持っていました: ATM、ATRIP、BRCA1、BRCA2、CDK12、CHTF8、FZR1、MRE11、NBN、PALB2、RAD17、RAD50、RAD51B/C/D、REV3L 、ＲＮＡＳＥＨ２Ａ、ＲＮＡＳＥＨ２Ｂ、ＳＥＴＤ２、またはスポンサーと研究者との間で合意された他の遺伝子（例えば、ＣＨＥＫ２）。事前スクリーニングの同意に基づいて、臨床検査改善修正/病理学大学、国際標準化機構、または同等の認定検査機関から入手可能な NGS 結果 (生殖細胞系列、腫瘍、または ctDNA) が、米国大学の精密腫瘍学意思決定支援グループ 57 によって集中的に確認され、注釈が付けられました。テキサス州MDアンダーソンがんセンター。 RNASEH2B タンパク質欠損を伴う腫瘍は、RNASEH2B IHC (RbMab) 臨床試験アッセイ (NeoGenomics) でスクリーニングおよび同定されました。 RNASEH2B 損失は、0 ～ 10% の陽性腫瘍細胞として定義されました。

以下の除外基準のいずれかを満たす患者は参加資格がなかった：治験薬の初回投与前14日以内に化学療法、低分子抗がん剤または生物学的抗がん療法による治療を受けた患者。 ATRまたはDNA-PK阻害剤による以前の治療; 患者の安全性を損なったり、研究結果を混乱させたり、研究への参加を妨げたりする可能性のある病歴または現在の状態、治療法または検査異常。カモンセルチブのあらゆる成分に対する既知の過敏症; 制御されていない症候性の脳転移。コントロールされていない高血圧。活動性の制御されていない細菌、真菌、またはウイルス感染。中等度または重度の肝障害。臨床的に重要な異常心電図の病歴、心室性不整脈の病歴またはリスク、補正QT間隔（QTcF）>470ミリ秒のフリデリシア式、またはQT間隔を延長することが知られている薬剤による治療。骨髄異形成症候群または急性骨髄性白血病の病歴; プロトコールおよびフォローアップ手順を遵守できない。初回投与から14日以内の強力なCYP3A阻害剤または誘導剤、P-gp阻害剤またはBCRP阻害剤による治療。そして妊娠中や授乳中。

カモンセルチブの忍容性と安全性は、AE、TEAE、重篤な有害事象（SAE）、DLT、併用薬と処置、身体検査、バイタルサイン測定、臨床安全性検査室評価（血液学、化学、尿検査）、ECOGパフォーマンスステータスの評価によって評価されました。スコアと心電図。

探索的有効性エンドポイントは、全奏効率、治療期間（DOT）、CBR、PFS、および全生存期間による抗腫瘍活性の評価でした。全体的な奏効率は、RECIST 1.1に基づく完全奏効またはPR、GCIG基準に基づく確認されたCA-125反応、またはPCWG3に基づくPSA反応の最良の反応を示した患者の割合として定義されました。 CBRは、RECIST 1.1による反応、またはGCIG基準によるCA-125の確認、またはPCWG3に基づくPSA反応、または進行の事前の証拠がなく少なくとも16週間の治療期間を有する患者の割合として定義された（元のプロトコール定義からの修正）。腫瘍反応は、最初の 3 回の評価では 6 週間ごとに、その後は 9 週間ごとに RECIST 1.1 に従って評価されました。血清腫瘍バイオマーカーは、サイクルごとに 1 回、または標準治療に従って評価されました。腫瘍マーカーに反応した場合は、最初の反応前または反応から 4 週間以内に放射線学的または臨床的進行の証拠が存在していなければなりません。 mPFS は、RECIST ごとの疾患の進行または死亡をイベントとして扱う Kaplan-Meier 法を使用して計算されました。事象のない患者は、カットオフ日より前の最後の腫瘍評価日に打ち切られた。同様に、mDOT を計算するために、治療を中止した患者はイベントとして扱われ、イベントのない患者はデータカットオフ日に打ち切られました。

カモンセルチブのサイクル 1、1 日目の血漿レベルは、検証済みの液体クロマトグラフィータンデム質量分析 (LC-MS/MS) 法を使用して定量されました。 RP-3500 の PK パラメーターは、Phoenix バージョン 8.3.3.33 (Certara) を使用したノンコンパートメント分析を使用して計算されました。時間 0 から最後の定量可能な濃度 (AUC0-last) までの AUC。時間 0 から無限までの AUC (AUC0–inf)。投与後0時間から12時間までのAUC（AUC0〜12）。観察された最大血漿濃度 (Cmax); Tmax; および最終消失半減期 (t1/2) を計算しました。すべての PK パラメーターは、実際のサンプリング時間を使用して計算されました。所定の用量レベルおよびレジメンにおける平均血漿濃度時間プロファイルを、公称時間を使用して片対数プロット上にプロットした。

モジュール 1 で計画された最大総曝露患者数は 140 人でした。実際の患者数は、用量漸増の数と、いずれかのバックフィルコホート (それぞれ最大 8 人) に登録された患者数によって決定されました。この数値は、最初の治療効果が観察された用量レベルでの薬物関連毒性をより深く理解するのに十分であると考えられました。用量漸増の決定は BOIN 設計 58 によって管理され、DLT 観察期間終了時の安全性検討委員会会議で確認されました。

すべての安全性と有効性のエンドポイントは記述統計で要約されました。安全性データは、RP-3500 を少なくとも 1 回投与されたすべての患者で構成される安全性集団を使用して要約されました。 DLT率はDLT評価対象集団に基づいており、これにはカモンセルチブの予定用量の80％以上を投与され、必要な安全性評価をすべて完了し、投与期間終了まで観察された用量漸増コホート（M1aおよびM1bのみ）の患者が含まれていた。サイクル 1 または DLT を経験した患者。予想される用量レベルの数が異なることと第 1 相試験の探索的性質のため、抗腫瘍活性パラメータは主に RP-3500 を 1 回以上投与され、RECIST 1.1 によるベースライン後の腫瘍評価が 1 回以上の患者に基づいていました。および/または GCIG CA-125 または PCWG3 PSA 基準、統計解析計画で定義されているように、初期用量レベル > 100 mg d-1 (有効な曝露を達成すると予測される用量レベル)。対象となる腫瘍の種類または遺伝子型に基づく追加のサブグループは、この有効性分析セットに基づいていました。 RP-3500 の有効性が性別、人種、性別によって影響を受けることを示唆する証拠はありません。したがって、患者は性別、性別、人種に関係なく研究に登録され、エンドポイントが評価されました。この研究では正式な統計的テストは行われませんでした。ただし、公称 P 値 (両側) は、多重性を調整することなく、選択された探索的エンドポイントの仮説生成目的のために提供されました。ログランク検定はイベント発生までの時間エンドポイント（PFS および DOT）のグループ間比較に使用され、フィッシャーの直接確率検定はバイナリエンドポイント（CBR、MR など）のグループ間比較に使用されました。

DNA (最低 30 ng) を、10 枚の 5 µm ホルマリン固定パラフィン包埋スライドまたはペレット化 PBMC (最低 120 ng) から抽出しました。 DNA サンプルは、SNiPDx (Repare Therapeutics) 20 と呼ばれる 26 個の遺伝子を含むカスタムアンカーマルチプレックス (AMP) ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) パネルで分析されました。製造業者のプロトコールに従い、定量的PCR (Kapa Biosystems)を使用してライブラリーを定量した。アンプリコン配列決定は、製造業者の標準プロトコルに従って、NovaSeq プラットフォーム (Illumina) 上で実行されました。ペアエンド配列データは、エラー訂正されたリードを整列させるために AMP 用に開発された方法を使用して処理されました 31。 AMP ライブラリは、Archer Analysis Platform バージョン 6.2.8 の VariantPlex Pipeline を使用して処理されました。

バリアントは、LoFreq (バージョン 2.1.1)、FreeBayes (バージョン 0.9.9)、および独自のメソッドを使用して呼び出されました。 VariantPlex パイプラインパラメーターは、SNiPDx の大きなフットプリントに対応し、バリアントコール内のバックグラウンドノイズを最小限に抑えるために調整されました。最小塩基品質が 22、最小対立遺伝子分率が 0.02 のリードの対象領域内の最も近い遺伝子特異的プライマーからのバリアントコール <300 塩基対が報告されました。遺伝子、転写産物、および変異体の結果には、データベースバージョン 1.5-2020.11.25 を使用して、Alamut Batch (Interactive BioSoftware) を通じてアクセスしました。各サンプルのバリアントコールフォーマットファイルは、VCFtools バージョン 0.1.11 を使用して生成されました。

ゲノム全体のメジャーコピー数とマイナーコピー数は、FACETS32 によって推定されました。正常 (PoN) 選択スキームの適応パネルが標準 FACETS ワークフローに追加され、分析されたホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍サンプルに品質パラメータを照合しました。 26 個の SNiPDx 標的遺伝子およびその他のゲノム領域におけるコピー数の変化と対立遺伝子の不均衡は、log2R (つまり、腫瘍サンプルの一塩基多型 (SNP) のカバー率と、対応する正常サンプルのカバー率の log2 比に基づいて計算されました)サンプルまたはPoN）、およびlog2オッズ比（log2OR、代替対立遺伝子を報告するリード数：参照対立遺伝子を報告するリード数から計算）、腫瘍純度および倍数性によって調整されます32。各 SNP のマイナー対立遺伝子 (b 対立遺伝子) の割合は、代替対立遺伝子を報告するリード数:その位置のリードの総数の比として定義されました。マイナー対立遺伝子のコピー数がゼロの場合、ヘテロ接合性の喪失 (LOH) が判定されました。サンプルは配列決定と腫瘍内容の技術的パラメーターについて手動でレビューされ、FACETS ソリューションから生成されたプロットを使用して、遺伝子ごとの LOH ステータスが誤ったセグメント化の可能性について精選されました。

登録遺伝子の対立遺伝子状態は、SNiPDx、WGS、またはローカル NGS (利用可能な場合) によって決定されました。以下の基準のいずれかが満たされる場合、登録遺伝子は両対立遺伝子 LOF を有するとみなされました。(1) ホモ接合性欠失。 (2) 複合ヘテロ接合性突然変異。 (3) 突然変異と LOH。または (4) 突然変異と重複しない喪失。以下の基準が満たされる場合、登録遺伝子は単一対立遺伝子欠失を有するとみなされました：（1）LOH を伴わない突然変異、または（2）ヘテロ接合性欠失、突然変異またはコピー数欠失が検出されなかった場合は欠失がないとみなされました。 CHIPは、登録変化がPBMCで検出されたが、生殖系列ではないと判定された場合に決定されました。サブクローン変化とは、腫瘍純度、倍数性、および局所コピー数を調整すると、登録変化が予想よりも低いVAFで検出可能であるか、または一部の腫瘍生検にのみ存在するものでした。中央の結果が利用できず、局所検査で二対立遺伝子の喪失につながる上記のイベントのいずれかを検出できた場合、その遺伝子は二対立遺伝子の喪失があるとみなされました。対立遺伝子ステータスの呼び出しは、外部の委員会認定分子病理学者によって検討されました。

CHIP 測定は、ctDNA と SNiPDx PBMC の両方の結果が得られた一連の患者に対して実行されました。最も顕著な CHIP 遺伝子 (DNMT3A、ASXL1、および TET2) は、ctDNA パネルにも PBMC パネルにも含まれていないため、この分析では考慮されていません。生殖細胞系列の変化を除外した後、CHIP は、PBMC と ctDNA の間の VAF の比率が 25% 以上で、PBMC での十分なリードサポート (5 リード以上) がある変化として定義されました。腫瘍 NGS からの追加の証拠は、登録遺伝子 CHIP フィルタリングに使用されました (つまり、組織内の VAF が PBMC よりも大幅に低かった場合)。すべての CHIP バリアントは手動でレビューされました。

突然変異シグネチャは、事前定義されたシグネチャのセットを使用してエクスポージャの最適化された組み合わせを計算する多重線形回帰モデルに基づく DeconstructSig59 を使用して分解されました。また、非負行列因数分解に基づいて ex novo シグネチャを抽出して開発された SigProfiler を使用して分解されました。最近では、より大きながん患者コホートを対象に研究が行われています。関数 SigProfilerSingleSample を使用して、患者ごとの変異サインの分解を取得しました60。各サンプルの各方法で得られた突然変異サインの露出を比較し、方法間の一致が観察された場合は堅牢であるとみなしました。

血漿サンプルは、治療の各サイクルのベースラインで患者から収集されました。 ctDNA 解析は、Tempus xF (Tempus) を使用して実行されました。生殖系列および CHIP バリアントは、一致する PBMC のターゲットシーケンスとの比較によってフィルターされました。アーティファクトおよび追加の生殖細胞変異の疑いのあるものは、手動によるキュレーションによって削除されました。モニタリング可能とみなされるには、個々の変異はいずれの時点でも VAF が 0.5% 以上である必要があり、患者はいずれの時点でも VAF が 1% 以上の変異を少なくとも 1 つ有する必要がありました。各患者の各時点の mVAF を計算し、その後、ベースラインに対する各治療時点の mVAF 比 (mVAFR) を計算しました。複数の治療時点を持つ患者の場合、最良の mVAFR が選択されました。少なくとも 1 つの時点でベースラインから mVAFR が 50% 以上低下した患者を分子応答者とみなしました。

腫瘍生検は、ベースライン時およびサイクル 2、投与後 8 時間から 24 時間の間の 10 日目に患者から収集されました。その後、遠位 PD マーカーである pKAP1 と gH2AX が、HistoWiz, Inc. の中心となる腫瘍 IHC によって評価されました。CHK1 リン酸化 (p-CHK1) は、ATR 阻害のより直接的で近位のバイオマーカーですが、前臨床研究では、p-CHK1 は、ATR 阻害後に急速に低下することが実証されています。このことは、腫瘍生検を 2 時間以内に実施する必要があることを示唆しています。したがって、実現可能性が限られていたため、p-CHK1 は評価されませんでした。 4 μm で切片化された未染色のスライドを、BOND RX で gH2AX Ser139 (クローン 20E3、9718、Cell Signaling Technology、1:1,000 希釈) および pKAP1 S824 (クローン BL-246-7B5、ab243870、Abcam、1:600 希釈) で標識しました。メーカーのプロトコルに従って、酵素処理 (1:1,000) および BOND Polymer Refine Detection (Leica Biosystems) を備えた自動染色装置 (Leica Biosystems) を使用しました。染色後、切片を脱水し、TissueTek Prisma and Cover Slipper (Sakura Fintech) を使用してフィルムでカバースリップをかけました。遡及的 ATM IHC は、スポンサーが承認した中央検査機関 (抗 ATM クローン Y170、ab32420、Abcam、1:250 希釈) によって実施されました。すべてのスライドは、学会認定の病理学者によって解釈されました。 ATM 損失は、陽性腫瘍細胞の 5% 以下として定義されました。

臨床データはテキサス大学 MD アンダーソンがんセンターで収集されました。英国サラ・キャノン研究所。ダナ・ファーバー癌研究所。サラ・キャノン研究所/テネシー腫瘍学。コペンハーゲン大学病院。プリンセス・マーガレットがんセンター。デューク大学; ロードアイランド病院; 北部がん治療センター。マサチューセッツ総合病院がんセンター。記念スローン・ケタリングがんセンター。そしてクリスティ財団。

研究デザインの詳細については、この記事にリンクされている Nature Portfolio Reporting Summary を参照してください。

資格のある研究の場合、資格のある研究者は、データ要求プラットフォームを通じて個々の患者レベルの臨床データへのアクセスを要求できます。執筆時点では、このリクエストプラットフォームは Vivli (https://vivli.org/ourmember/roche/) です。データセットは、臨床試験報告書が完了してから 18 か月後、および必要に応じて適応症または薬剤の規制上の審査が完了してからリクエストできます。この試験からの患者レベルのデータへのアクセスはリクエストすることができ、独立した審査委員会によって評価され、患者の再特定のリスクを考慮してデータを提供するかどうかが決定されます。承認されると、データは最長 24 か月間利用できます。ロシュ外部の複数のデータソースにわたる個々の患者の匿名化された記録は、患者の再特定のリスクが高まる可能性があるため、リンクできませんし、リンクすべきではありません。臨床情報の共有に関するロシュのグローバルポリシーに関する最新の詳細および関連する臨床研究文書へのアクセスをリクエストする方法については、https://go.roche.com/data_sharing を参照してください。

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この研究はRepare Therapeutics, Inc.から資金提供を受けました。著者らは、TRESR研究に携わった患者、その家族、研究者全員に感謝したいと思います。また、研究登録時のNGS検査におけるすべてのゲノム変化の前向きアノテーションを通じてゲノム意思決定サポートを提供してくれたテキサス大学MDアンダーソンがんセンターの精密腫瘍学意思決定サポートグループにも感謝します。また、参加している TRESR 研究施設の取り組みと貢献にも感謝します。B. Hoadley、C. Brown、S. Montez—テキサス大学 MD アンダーソンがんセンター。 M. リーバーズと A. グリーンバーグ — ダナファーバーがん研究所。 I. シェーファー—サラ・キャノン研究所/テネシー腫瘍学。 A. カザリアン — メモリアルスローンケタリングがんセンター。 P. リー—デューク癌研究所。 J. ハバード - マサチューセッツ総合病院。 B. トラバースと V. ネルソン - ロードアイランド病院/寿命。 R. ワイルドマンと A. アディール - プリンセスマーガレットがんセンター。 T. ウッドと P. ハダー - クリスティ NHS 財団トラスト。 H. (ブレア) ポーチャス — ニューカッスル病院 NHS 財団トラスト。 S. マフムードと P. リグビー - 英国サラ・キャノン研究所。および C. ソナンダーウェストファルおよび E.-S. Sønderskov Darre—デンマーク、リゴスピタレット。バイオマーカーのデータ収集については、NeoGenomics Laboratories、Tempus、Invitae Corporation、BioAgilytix に感謝します。 Repare臨床研究チーム：A. Rode、S. Guerrera、L. Gjylameti、P. Nejad、S. May、S. Patel、B. Bazdar-Vinovrski、A. DeMaggio、およびProPharma Groupに感謝します。原稿レビュー中の貢献については M. Zimmermann と D. Durocher、ゲノムプロファイリングのサポートについては S. Harris に感謝します。批判的なレビューと編集サポートは、Repare Therapeutics, Inc. の支援を受けて、Onyx (英国ロンドン) の AA Terbush と B. Fitzgerald によって提供されました。この研究は、Repare Therapeutics, Inc. から資金提供を受けました。すべての著者は、原稿の内容に対する最終責任を負います。そして出版のために原稿を提出する決定について。

Repare Therapeutics の元従業員: Peter Manley。

テキサス大学MDアンダーソンがんセンター、米国テキサス州ヒューストン、がん治療研究部

ティモシー・A・ヤップ & ファンダ・メリック・バーンスタム

サラ・キャノン研究所英国、ロンドン、英国

エリサ・フォンタナ

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エリザベス・K・リー

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デヴィッド・R・シュピーゲル

デンマーク、コペンハーゲン、リグショスピタレット腫瘍科

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ステファニー・ルールー

米国ノースカロライナ州ダーラムのデューク大学腫瘍内科

ニハリカ・B・メットゥ

ブラウン大学レゴレッタがんセンターおよびライフスパンがん研究所、ブラウン大学ウォーレン・アルパート医科大学医学部、血液学/腫瘍科、米国ロードアイランド州プロビデンス

ベネディト・A・カルネイロ

マンチェスター大学癌科学部門およびクリスティ NHS 財団トラスト、マンチェスター、英国

ルイーズ・カーター

ニューカッスル大学およびニューカッスル病院 NHS 財団トラスト、ノーザンがん治療センター、英国ニューカッスルアポンタイン

ルース・プラマー

マサチューセッツ総合病院がんセンター、ボストン、マサチューセッツ州、米国

グレゴリー・M・コート

Repare Therapeutics、ケンブリッジ、マサチューセッツ州、米国

ジョセフ・オコネル、ジョセフ・D・シェーンホフト、マリサ・ワインゼルバウム、エイドリアン・J・フレットランド、ピーター・マンリー、イー・シュー、ダニエル・ウラネット、ヴィクトリア・リムクナス、マイク・ジンダ、マリア・ケーラー、イアン・M・シルバーマン

メモリアル・スローン・ケタリングがんセンター病理学部、ニューヨーク州ニューヨーク州、米国

ホルヘ・S・レイス・フィーリョ

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エズラ・ローゼン

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TAY、EF、EKL、DRS、MH、SL、NBM、BAC、LC、RP、FMB、ER がデータ収集に貢献しました。 JO は安全性データのレビューと分析に貢献しました。 TAY、GMC、JSRF、ER、JDS、MW、AF、PM、YX、IMS、DU、VR、MK が研究デザイン、解釈、データ分析に貢献しました。 VR、MK、MZ、TAY は概念化と設計の研究に貢献しました。著者全員が原稿の作成に貢献し、最終版をレビューしました。

ティモシー・A・ヤップへの往復書簡。

TAY はテキサス大学 MD アンダーソンがんセンターの職員であり、DDR およびその他の阻害剤に商業的関心を持っている応用がん科学研究所の医長でもあります。 Acrivon、Artios、AstraZeneca、Bayer、BeiGene、BioNTech、Blueprint、Bristol Myers Squibb、Clovis、Constellation、Cyteir、Eli Lilly、EMD Serono、Forbius、F-Star、GlaxoSmithKline、Genentech、Haihe、から機関に支払われた資金を受けています。 ImmuneSensor、Ionis、Ipsen、Jounce、Karyopharm、KSQ、協和、Merck、Mirati、Novartis、Pfizer、Ribon Therapeutics、Regeneron、Repare、Rubius、Sanofi、Scholar Rock、 Seattle Genetics、Tesaro、Vivace、Zenith。アッヴィ、アストラゼネカ、アクリボン、アダジェン、アルマック、アデューロ、アンフィスタ、アルティオス、アテナ、アトリン、アボロ、アクシオム、バプティスト・ヘルス・システムズ、バイエル、ベイジーン、ボクサー、ブリストル・マイヤーズスクイブ、C4 セラピューティクス、カリセラ、キャンサー・リサーチからコンサルティング資金を受けています。英国、Clovis、Cybrexa、Diffusion、EMD Serono、F-Star、Genmab、Glenmark、GLG、Globe Life Sciences、GlaxoSmithKline、Guidepoint、Idience、Ignyta、I-Mab、ImmuneSensor、Institut Gustave Roussy、Intellisphere、Jansen、Kyn、MEI Pharma、Mereo、Merck、Natera、Nexys、Novocure、OHSU、OncoSec、小野薬品工業、Pegascy、PER、Pfizer、Piper-Sandler、Prolynx、Repare、resTORbio、Roche、Schrodinger、Theragnostics、Varian、Versant、Vibliome、Xinthera、Zai研究所とZielBio。 Seagen の株主でもあります。 EF は、Repare Therapeutics、CARIS Life Science、Seagen、Sapience Pharma からカンファレンス出席のための個人資金を受け取り、Repare Therapeutics、Bicycle Therapeutics、Artios Pharma、Seagen、Amgen、Nurix Therapeutics、BioNTech、Relay Therapeutics から機関に支払われた研究資金も受け取っています。、タヒオ製薬、ファイザー、ロシュ、第一三共、ギリアド・サイエンス、バシレア・ファーマシューティカ、江蘇恒瑞医薬、メレオ・バイオファーマ、ハッチメッド、メルス、クレッシェンド・バイオロジクス、グラクソ・スミスクライン、ベイジーン、ターニング・ポイント・セラピューティクス、サピエンス・ファーマ。 EKL は Merck から研究資金を受け、Aadi Biosciences からコンサルティング資金を受けています。 DRS は、Aeglea Biotherapeutics、Agios、Amgen、AnHeart Therapeutics、Apollomics、Arcus、Arrys Therapeutics、Ascendis Pharma、Astellas、AstraZeneca、Bayer、BeiGene、BIND Therapeutics、BioNTech、Blueprint Medicine、Boehringer Ingelheim、Bristol から研究機関に支払われた研究資金を受けています。 Myers Squibb、Calithera、Celgene、Celldex、Clovis、Cyteir Therapeutics、第一三共、Denovo Biopharma、エーザイ、Elevation Oncology、Endeavor、Erasca、Faeth Therapeutics、富士フイルムファーマシューティカルズ、G1 Therapeutics、Roche/Genentech、Gilead Sciences、GlaxoSmithKline、GRAIL、Hutchison MediPharma、ImClone Systems、Incyte、Ipsen、Janssen、Jazz Pharmaceuticals、Kronos Bio、Eli Lilly、Loxo Oncology、Lyell Immunopharma、MacroGenics、MedImmune、Merck、Molecular Template、Nektar、Neon Therapeutics、Novartis、Novocure、Pure Tech Health、Razor Genomics 、Repare Therapeutics、Rgenix、Seagen、Shenzhen Chipscreen Biosciences、Sythekine、Taiho、Tango Therapeutics、Tarveda、Tesaro、Tizona Therapeutics、Transgene、テキサス大学サウスウェスタン大学、Verastem および Zai Laboratory に報酬を支払ってコンサルタントおよび/または顧問の役割を果たしてきました。 AstraZeneca、BeiGene、Bristol Myers Squibb、Curio Science、EMO Serano、Evidera、GlaxoSmithKline、Ipsen Biopharmaceuticals、Janssen、Jazz Pharmaceuticals、Eli Lilly、Molecular Templates、Monte Rosa Therapeutics、Novartis、Novocure、Pfizer、Pyxis Oncology、Regeneron Pharmaceuticals による自社機関、ロシュ/ジェネンテック、サノフィ。 MH は、Repare Therapeutics と Roche から所属機関に支払われた研究資金を受け取っています。 SL は、Merck、AstraZeneca、Regeneron、Roche、Repare Therapeutics、GlaxoSmithKline、Seagen から機関に支払われる助成金または契約を受け取りました。 Novocure、Merck、AstraZeneca、GlaxoSmithKline、Eisai、Shattuck Labs からのコンサルティング料。アストラゼネカ、グラクソ・スミスクライン、エーザイ/メルクからの講演、プレゼンテーション、講演者局、原稿執筆または教育イベントに対する支払いまたは謝礼。アストラゼネカからのデータ安全監視委員会または諮問委員会への参加。 NBM は、Incyte Corporation、Genentech/Roche、AstraZeneca、Amgen、Erytech Pharma、Bristol Myers Squibb、Amphivena Therapeutics、Repare Therapeutics、BioMed Valley Discoveries、Mereo Biopharma、Syros、Aravive、Merck から研究機関に支払われた研究資金を受けています。 BAC は、AstraZeneca、Abbvie、Actuate Therapeutics、Astellas、Bayer、Dragonfly Therapeutics、Pfizer、Repare Therapeutics から所属機関に支払われた研究資金を受けています。 LC は、Repare Therapeutics から所属機関に支払われた研究資金を受け取りました。 RPは、Pierre Faber、Bayer、Novartis、Bristol Myers Squibb、Cybrexa、Ellipses、CV6 Therapeutics、Immunocore、Genmab、Astex Therapeutics、Medivir、Onxeo、およびSanofiから諮問委員会への出席に対する謝礼を受け取りました。 Alligator Biosciences、GlaxoSmithKline、および SOTIO Biotech AG の独立データ監視委員会のメンバーとして働いたことに対する謝礼。アストラゼネカ、ノバルティス、バイエル、ブリストル・マイヤーズスクイブによる教育講演の実施や教育会議の議長を務めるための個人資金。 Merck Sharp & Dohme および Bristol Myers Squibb からカンファレンスへの出席をサポートするための資金も提供されます。 GMC は、Servier Pharmaceuticals、Epizyme、PharmaMar、Macrogenics、Eisai、Merck KGaA/EMO Sereno Research and Development Institute、Bavarian-Nordic、Bayer、SpringWorks、Repare Therapeutics、Foghorn、SMP Oncology、Jazz Pharmaceuticals、RAIN から機関に支払われた資金を受けています。 Therapeutics、BioAtla、lnhibrx、lkena、および C4 Therapeutics。 Epizyme、PharmaMar、Eisai、Foghorn、lkena、および C4 Therapeutics からの諮問委員会手数料。 FMBは、Aileron Therapeutics、AstraZeneca、Bayer、Calithera、Curis、CytomX Therapeutics、第一三共、Debiopharm、eFFECTOR Therapeutics、Genentech、Guardant Health、Klus Pharma、Takeda、Novartis、Puma Biotechnology、Taihoから研究資金を受けています。 AbbVie、Aduro BioTech、Alkermes、AstraZeneca、第一三共、DebioPharm、eFFECTOR Therapeutics、F. Hoffman-La Roche、GT Apeiron、Genentech、Harbinger Health、IBM Watson、Infinity Pharmaceuticals、Jackson Laboratory、Kolon Life Science、Lengo からのコンサルティング資金提供Therapeutics、Menarini Group、OrigiMed、PACT Pharma、Parexel International、Pfizer、Protai Bio、Samsung Bioepis、 Seattle Genetics、Tallac Therapeutics、Tyra Biosciences、Xencor、Zymeworks。 Black Diamond、Biovica、Eisai、FogPharma、Immunomedics、Inflection Biosciences、Karyopharm Therapeutics、Loxo Oncology、Mercana Therapeutics、OnCusp Therapeutics、Puma Biotechnology、 Seattle Genetics、Sanofi、Silverback Therapeutics、Spectrum Pharmaceuticals、および Zentalis の諮問委員会からの手数料。中外バイオ製薬からの謝礼金。 JO は、Repare Therapeutics からコンサルティング料を受け取っています。 JDS、MW、AF、DU、MZ、MK、IMS、および VR は、Repare Therapeutics の現在の従業員および株主です。 YX は、Repare Therapeutics の現従業員です。 PM は、Repare Therapeutics の元従業員であり、現在の株主です。 MK、IMS、VR、および JSRF は、この出版物に開示されているデータに関連する仮特許を保有しています。 JSRF は、Goldman Sachs、Paige.AI、Repare Therapeutics、および Personalis からコンサルタント料を受け取っています。 Volition Rx、Paige.AI、Repare Therapeutics、Personalis、Bain Capital の科学諮問委員会のメンバーです。 Grupo Oncoclinicas の取締役会のメンバーです。また、Roche Tissue Diagnostics、Ventana Medical Systems、AstraZeneca、第一三共、Merck Sharp & Dohme の科学諮問委員会の臨時メンバーでもあります。 ER には開示すべき競合する利害関係はありません。

Nature Medicine は、この研究の査読に貢献してくれた Yilun Sun、Rowan Miller、およびその他の匿名の査読者に感謝します。主な編集者: Saheli Sadanand、Nature Medicine チームと協力。

発行者注記 Springer Nature は、発行された地図および所属機関の管轄権の主張に関して中立を保っています。

サイクル 1 日目のカモンセルチブの幾何平均血漿中濃度時間プロファイルを、100 mg QD (n = 8 患者)、120 mg QD (n = 31 患者)、160 mg QD (n = 63 患者) の指定用量レベルでプロットします。または 200 mg (n = 5 人の患者)。エラーバーは幾何標準偏差を表します。赤い破線は、薬理活性の標的である前臨床 in vivo 腫瘍 pCHK1 IC80 を表します (約 10 ～ 12 時間の適用範囲)。すべての患者がすべての時点で評価されたわけではないことに注意してください。 IC80、80%阻害濃度。時、時間。 QD、1 日 1 回。

（a）示された用量およびスケジュールでカモンセルチブで治療された患者における、ベースラインからサイクル2の10日目までのカモンセルチブ治療によるHスコアのyH2AX（上）およびpKAP1（下）の変化。 (b) 3/4 連続スケジュールで 160 mg QD カモンセルチブで治療された ER+ 乳がん患者から、治療開始の 3 日前と治療開始 30 日目に採取された治療前および治療中の生検の代表的な組織顕微鏡写真。 2/1w、2週間オン、1週間オフ。 3/4、3 日オン、4 日オフ。 5/2、5日休み、2日休み。 ATR、毛細血管拡張性失調症およびRad3関連キナーゼ。継続、継続的。 ER、エストロゲン受容体。 QD、1 日 1 回。テキサス、治療。

(a) 治療期間。 (b) 無増悪生存期間に関するカプラン・マイヤー推定値。無増悪生存期間の中央値は 35 週間でした。 RECIST、固形腫瘍における反応評価基準。

(a) 両対立遺伝子ステータスと非両対立遺伝子ステータスによって層別化された腫瘍の臨床利益および分子応答率。 (b) ATM の登録 NGS 検査結果と遡及的 ATM IHC および対立遺伝子特異的コピー数結果との比較。顕微鏡写真は、抗ATM抗体を用いたIHC分析を受けた30人の患者のうち2人のCRPC組織の画像を示しており、それぞれATM発現が完全な癌（ATM IHC intact）とATM発現の喪失（ATM IHC喪失）を示しています。 CH、チップ; CHIP、潜在的可能性が不定のクローン造血。 CRPC、去勢抵抗性前立腺がん。 ctDNA、循環腫瘍 DNA。 IHC、免疫組織化学; InDel、挿入または削除。 NGS、次世代シーケンス。 NL、損失は検出されませんでした。 QNS、量が不十分です。 SC、サブクローン検出。

遺伝子対立遺伝子の状態による、(a) 無増悪生存期間および (b) 治療期間のカプラン・マイヤー推定値。

(a) リキッドバイオプシーまたは腫瘍配列決定によって復帰変化が確認された10人の患者における治療期間。 (b) ctDNA にポリクローナル BRCA1 復帰変化が見られるトリプルネガティブ乳がんの 69 歳女性の症例報告。 BRCA1 復帰変化はカモンセルチブ治療により減少し、非標的病変が進行する前に増加します。 69F、69歳女性。 ctDNA、循環腫瘍 DNA。 MR、分子応答。 NTL、非標的病変。 PARPi、ポリアデノシン二リン酸-リボースポリメラーゼ阻害剤。 Plt、プラチナ。 RECIST、固形腫瘍における反応評価基準。 TL、標的病変。 TNBC、トリプルネガティブ乳がん。 VAF、バリアント対立遺伝子頻度。

補足表 1 ～ 5 および補足図。 1～7

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転載と許可

Yap、TA、Fontana、E.、Lee、EK 他。 DNA損傷応答欠損進行固形腫瘍におけるカモンセルチブ：第1相試験の結果。ナット・メッド (2023)。 https://doi.org/10.1038/s41591-023-02399-0

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受信日: 2022 年 10 月 14 日

受理日: 2023 年 5 月 12 日

公開日: 2023 年 6 月 5 日

DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-023-02399-0

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